| Taak |
Het onderzoeksterrein van deze leerstoelgroep is de bioinformatica, en in het bijzonder de analyse van genomen. Het hoofdthema van de leerstoelgroep ligt daarbij op data integratie en data mining, oftewel: hoe maken we de grote stroom biomoleculaire data toegankelijk om er zo veel mogelijk nuttige (nieuwe) gegevens uit te putten. Bioinformatica is bij uitstek een multidisciplinair vak, en is daardoor zeer breed inzetbaar. Het is daarom niet verwonderlijk dat de leerstoelgroep, ondanks de inbedding in de kenniseenheid Plant niet alleen plantaardige, maar ook dierlijke en humane systemen bestudeert.
De onderzoeksrichtingen waaraan binnen de leerstoelgroep onder andere aandacht geschonken wordt:
*Bioinformatie systemen. Door middel van data en text mining technieken proberen wij een link te leggen tussen het genotype en het fenotype in plant en dier. Daarnaast wordt ook veel aandacht geschonken aan methodes om data op een rationele manier op te slaan en toegankelijk te maken.
*Analyse van microarrays. Door het ontwikkelen van, en gebruik te maken van ontologien wordt getracht om microarray data te analyseren op een manier die verder gaat dan alleen cluster analyse gebaseerd op expressie-niveau.
*Genoom evolutie en fylogenie. Hierbij bestuderen we de evolutie van zowel eenvoudige structuren zoals aminozuur of nucleotide repeats, als ook de evolutie van complete genomen.
Daarnaast zijn software en databanken van de afdeling ook algemeen toegankelijk en toepasbaar zijn binnen WUR zoals een SRS server, BLAST, FASTA, en BLAT servers, en sequentie analyse en fylogenie software. |
