KNAW

Onderzoek

Understanding amyloidogenesis by computer simulations. Tackling the...

Pagina-navigatie:


Wijzig gegevens


Titel Understanding amyloidogenesis by computer simulations. Tackling the sampling problem by using replica exchange umbrella sampling and hydrogen bond biasing potentials
Looptijd 07 / 2004 - 03 / 2009
Status Afgesloten
Dissertatie Ja
Onderzoeknummer OND1302966
Leverancier gegevens Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO)

Samenvatting

Amyloid fibrillen zijn onoplosbare aggregaten van normaal oplosbare eiwitten of polypeptiden. Een aantal ziekten worden geassocieerd met amyloidogenesis. De ziekte van Alzheimer wordt gekenmerkt door de vorming van amyloide Aß fibrillen. De ziekten van Parkinson en Huntington worden in verband gebracht met amyloidogenesis. Hoewel er de laatste jaren aanzienlijke vooruitgang is geboekt ontbreekt nog steeds een goed begrip van het mechanisme van fibrillogenesis en de aangroeiing van individuele amyloide moleculen aan de fibrillen. Vooruitgang wordt bemoeilijkt door het feit dat processen over meerdere tijd- en lengteschalen van belang zijn voor de vorming van fibrillen. In dit project wordt beoogd inzicht te verwerven in de mechanismen, die ten grondslag liggen aan de aggregatie van Aß peptiden tot fibrillen op atomair en mesoscopisch niveau. Amyloidogenesis wordt onderzocht met moleculaire en mesoscopische simulatie technieken. Moleculaire dynamica simulaties worden gebruikt voor onderzoek naar structuur en dynamica van fragmenten van amyloide peptiden en hun oligomeren in oplossing. De conformatie van de gevonden structuren zal worden geanalyseerd evenals de secundaire structuren. Om de vorming van oligomeren van complete Aß1-40 en soortgelijke peptiden te onderzoeken zal een nieuwe techniek, die momenteel in Delft wordt ontwikkeld, worden gebruikt waarbij de convergentie naar stabiele configuraties van geassocieerde moleculen aanzienlijk versneld wordt in vergelijking met standaard simulatie technieken. De resultaten van deze simulaties worden geanalyseerd en gebruikt als input in grofschalige modellen, die vervolgens worden gebruikt om het mechanisme van aggregatie van amyloide peptiden tot fibrillen te bestuderen. De analyse van de simulaties zal worden aangevuld met interactieve visualisatie op de virtual reality workbench.

Betrokken organisaties

Betrokken personen

Classificatie

A90000 Zuiver-wetenschappelijk onderzoek
D16800 Simulatie, virtual reality
D21300 Biochemie

Omhoog
Ga terug naar de inhoud
Ga terug naar de site navigatie