KNAW

Onderzoek

Songbird genomics: High throughput genetics and QTL mapping in wild passerines

Pagina-navigatie:


Wijzig gegevens


Titel Songbird genomics: High throughput genetics and QTL mapping in wild passerines
Looptijd 03 / 2009 - 12 / 2013
Status Lopend
Onderzoeknummer OND1335871

Samenvatting

De nieuwste high-throughput DNA sequencing methoden worden gebruikt voor het verkrijgen van minstens 60 miljoen korte DNA sequenties. Voor het songbird genomics project is het essentieel dat de sequentie reads geassembleerd worden in zo groot mogelijke contigs. Voor onze doelsoort (de koolmees) is namelijk geen genoom informatie beschikbaar, en zodoende vervullen deze contigs de rol van referentiesequentie. De referentie sequentie dient als basis voor het detecteren van meer dan 40.000 nucleotide polymorfismen.

Voor het assembleren van de contigs moeten alle 60 miljoen sequentiereads, 60 miljoen "reverse complementaire" copie-reads mét voor elke base van elke read een bijbehorende quality score (dus biljoenen quality scores) tegelijk in het geheugen van een computer worden ingelezen. Er wordt dan gezocht naar overlappende stukken sequentie tussen alle reads, en de quality scores worden met elkaar vergeleken. Aangezien de analyse integraal moet plaatsvinden is een geheugenblok van 64 GB vereist om de rekentijd van het proces te reduceren.

Betrokken organisaties

Betrokken personen

Projectleider Prof.dr. M.A.M. Groenen

Bovenliggende onderzoeksactiviteit(en)

Classificatie

A22000 Veeteelt
D21400 Genetica

Omhoog
Ga terug naar de inhoud
Ga terug naar de site navigatie