Doel
Het doel van dit project is om in Campylobacter genetische factoren te identificeren die een rol spelen bij de overleving onder stresscondities. Dergelijke factoren kunnen dienst doen als moleculaire biomarkers in assays waarmee gegevens kunnen worden gegenereerd ten behoeve van een early warning systeem en risk assessments in de pluimveevleesketen.
Werkwijze
Achtergrond/aanleiding
Het uitgangspunt van dit project is dat, op basis van de huidige kennis, risico-inventarisaties met betrekking tot Campylobacter en voedselveiligheid wellicht het best benaderd kunnen worden met de aanname dat alle Campylobacter stammen op een eindproduct pathogeen kunnen zijn. Voor risicoanalyses betekent dit dat de kans dat Campylobacter de stress-situaties in de pluimveevleesketen overleeft moet kunnen worden ingeschat. De vraagstelling die hier centraal staat is welke genetische factoren in Campylobacter belangrijk zijn voor overleving in de pluimveevleesketen. Recente wetenschappelijke publicaties tonen aan dat subtiele genetische veranderingen (polymorfismen) en regulatie van gen-expressie Campylobacter een hoge mate van flexibiliteit kan geven ten aanzien van overleving in verschillende niches. In dit project wordt onderzocht of er een verband bestaat tussen het overleven van stammen en polymorfismen in, of expressie van, specifieke stress-genen. Kennis van de genetische achtergrond verantwoordelijk voor het overleven van relevante stress-condities kan gebruikt worden voor het identificeren van moleculaire biomarkers. Deze biomarkers kunnen door wetenschappers in risk assessments gebruikt worden. Op deze manier kunnen modellen worden opgesteld waarmee accurate en betrouwbare voorspellingen kunnen worden gedaan met betrekking tot het overleven van Campylobacter in de keten. Deze modellen kunnen dienen als basis voor de ontwikkeling van kwalitatieve risico-inventarisaties ten behoeve van beslissingsprocessen. Vervolgens kunnen eindgebruikers (productschappen, slachterijen, pluimveevleesverwerkers) de adviezen die geformuleerd worden op grond van deze modellen toepassen.
Activiteiten
Door het uitvoeren van stressexperimenten is voor een kleine stammenset vastgesteld wat het fenotype van deze stammen is m.b.t. overlevinge. Vervolgens is o.g.v. de literatuur een zestal genen uitgkozen die een rol (kunen ) spelen bij/tijdens regulatie van overleving. Deze zijn gesequenced en middels statistische methodes is de af- of aanwezigheid van een correlatie tussen fenotype en puntmutaties vastgesteld. Daarnaast is onderzocht f deze puntmutaties in veldstammen aanwezig zijn, en of er een verband met overleving zou kunnen zijn.
Resultaten
In dit project twee mogelijke biomarkers voor 'survival' van Campylobacter geïdentificeerd waarvoor ook twee snelle detectiemethoden (real time PCR's) zijn opgezet. Deze detectiemethoden zijn vervolgens ingezet om ~600 Campylobacters geïsoleerd op verschillende punten in de pluimveevleesketen (container mest, blinde darm mest, filet) en klinische isolaten te analyseren. Uit deze screening bleek geen verband tussen deze biomarkers en overleving in de keten, maar er is wel duidelijk geworden dat één van beide kandidaten erg vaak voorkomt in klinische isolaten. Deze resultaten worden uitgewerkt en gebruikt voor een manuscript.
Publicaties bij dit project zijn beschikbaar via deze Link |
