KNAW

Research

SNP identification using high throughput parallel sequencing

Pagina-navigatie:


Update content


Title SNP identification using high throughput parallel sequencing
Period 10 / 2007 - unknown
Status Completed
Research number OND1341258

Abstract (NL)

Momenteel worden nieuwe ontwikkelingen als genome wide marker assisted selection (GMAS) in landbouwhuisdieren, waarvan de genoomsequentie niet bekend is, gehinderd door de beperkte beschikbaarheid van moleculaire data. Voornamelijk het aantal bekende Single Nucleotide Polymorfisms (SNP)markers is zeer beperkt.

Om deze beperking het hoofd te bieden hebben we met de tweede generatie high througput DNA sequencing techniek, voor enkele landbouwhuisdieren, datasets van tientallen miljoen fragmenten van elk 36 basen gecreƫerd. Dit vertegenwoordigd enkele procenten van elk genoom met redundantie van 10-15X. De redundantie is belangrijk voor het betrouwbaar identificeren van SNPs en wordt bereikt door gebruik te maken van meerdere dieren. Deze dataset zou theoretisch gezien een schat van enkele 10-duizenden SNPs moeten opleveren waaronder SNPs met een lage allelische frequentie. De opsporing van SNPs in datasets vereist assembly/clustering van de miljoenen 36 basen fragmenten op een relatief snelle processor met een adresseerbaar geheugen van 16-32 GB.

Related organisations

Related people

Project leader Prof.dr. M.A.M. Groenen

Related research (upper level)

Classification

A22000 Animal husbandry
D21400 Genetics

Go to page top
Go back to contents
Go back to site navigation