KNAW

Onderzoek

Genome mining in komkommer voor verbeterde biologische bestrijding

Pagina-navigatie:


Wijzig gegevens


Titel Genome mining in komkommer voor verbeterde biologische bestrijding
Looptijd 01 / 2011 - 12 / 2015
Status Lopend
Dissertatie Ja
Onderzoeknummer OND1346757
Leverancier gegevens Onderzoeker

Samenvatting

Komkommer is één van de belangrijkste groentegewassen ter wereld. Recent is de genoomsequentie van komkommer bepaald en deze kennis willen we gebruiken om nieuwe genen in kaart te brengen die een rol spelen bij de indirecte verdediging van komkommer tegen spintmijt en thrips, twee van de belangrijkste plagen in de komkommerteelt. Eerder onderzoek heeft aangetoond dat biologische controle van zogenoemde cell-feeding herbivoren, zoals spintmijt en thrips, kan worden geoptimaliseerd door het veranderen van het geurprofiel door middel van het introduceren van nieuwe ?geurgenen? middels een GMO-aanpak, als ook door het exploiteren van de genetische variatie in geïnduceerde geuremissie die reeds aanwezig is in komkommer. In ons onderzoek, wordt genoominformatie geanalyseerd in verschillende komkommer-accessies en gekoppeld aan metaboliet patronen van geïnduceerde geurcomponenten en expressiepatronen van de genen die coderen voor de enzymen die de geurcomponenten produceren. Ook zal de relatieve aantrekkelijkheid van de verschillende komkommer-accessies voor verschillende natuurlijke vijanden van spintmijt en thrips worden bestudeerd. De geïntegreerde aanpak van bioinformatica, metaboliet en genexpressie-analyse en gedragswerk zal leiden tot het identificeren van nieuwe genen en hun promotoren die in komkommer van belang zijn voor (geïnduceerde) indirecte verdedigingsmechanismen.

Samenvatting (EN)

Cucumber is one of the ten most important vegetables in the world and its genome has just recently been sequenced. In the proposed research we will exploit this information to improve cucumber traits involved in indirect plant defense (enhancing biological control) and to identify new genes that are (strongly) induced by spider-mites and thrips, two major pest herbivores in cucumber. In response to herbivory, plants release a complex blend of volatiles providing valuable cues for herbivores and their natural enemies. Previous research demonstrated that biological control of cell-feeding herbivores, such as spider-mites but also thrips, can be improved by changing the HIPV emission either through a GMO approach by introduction of terpene synthase genes or by exploiting the genetic variation in HIPV emission already present in cucumber. In our research, bioinformatics will be combined with metabolic profiling of volatiles and transcript profiling of the genes that encode for their biosynthesis, in various cucumber accessions. Furthermore, we will study the behaviour of various natural enemies of spider mites and thrips. Our integrated approach consisting of bioinformatics, metabolite profiling, transcriptomics and behavioural analyses will lead to the identification of genes and their regulatory sequences that in cucumber are responsible for (induced) indirect defence mechanisms.

Betrokken organisaties

Betrokken personen

Onderzoeker Dr.ir. I.F. Kappers
Projectleider Prof.dr. H.J. Bouwmeester
Projectleider Prof.dr. M. Dicke
Promovendus J. He

Omhoog
Ga terug naar de inhoud
Ga terug naar de site navigatie